پس از تائید ترانسفورماسیون و وجود پلاسمید حاوی ژن CD166 در باکتری میزبان ، با توجه به پروموتر lac در پلاسمید pet-28a ، جهت القاء بیان پروتئین در باکتری از القاگر IPTG در رقت مناسب استفاده شد. به منظور جداسازی باندهای پروتئینی سلولی و ردگیری پروتئین نوترکیب در سلول های ترانسفورم شده و نیز میزان بیان پروتئین موردنظر از الکتروفورز بر روی ژل پلی اکریل امید استفاده شد و عصاره های سلولی تهیه شده بر روی SDS-page الکتروفورز شدند. پس از رنگ آمیزی با کوماسی G-250 کلوئیدی ، باند ۵۰/۵۳ کیلو دالتون مربوط به پروتئین CD166 در نمونه ها ظاهر شد و علاوه بر این در نمونه های کنترل منفی باندی در این ناحیه مشاهده نشد. در شکل ۴-۱۴ ، الکتروفورز پروتئین CD166 بر روی SDS-page 15 درصد با رنگ آمیزی کوماسی بلو نشان داده شده است.
شکل ۴-۱۴٫ بررسی بیان پروتئین CD166 به کمک تکنیک -SDS-page از سمت چپ چاهک اول ، ئوم و سوم نمونه کنترل مثبت حاوی پروتئین بیان شده CD166–چاهک چهارم نمونه منفی و چاهک اخر لدر پروتئینی-پیکان قرمز رنگ باند ۵۵ کیلو دالتونی پروتئینCD166 و پیکان سبز باند ۶۰ کیلو دالتونی لدر
فصل پنجم : بحث و نتیجه گیری
بحث :
بیوانفورماتیک یا زیست داده ورزی ، جمع آوری ، تطبیق و تجزیه و تحلیل ، حجم بالایی از داده های زیستی است. بیوانفورماتیک یک دانش بین رشته ای است و با بهره گرفتن از علوم دیگر مثل کامپیوتر ، ریاضی ، شیمی ، فیزیک و علوم مرتبط دیگر مسایل مختلف زیست شناختی را که در سطح مولکولی هستند حل می کند.
مهمترین کاربردهای این رشته عبارتند از : تنظیم ساختار پروتئینی ، پیش بینی ساختارهای دوم و سوم پروتئین ، تطابق توالی ، کشف ژن ، گردآوری ژنوم ، پیش بینی بیان ژن ، مدل سازی تکامل و تعاملات پروتئین ، پروتئین در این رشته توالی های DNA مربوط به ارگانیزم های مختلف جهت دستیابی سریع و مقایسه ی آنها با یکدیگر ، در پایگاه های داده ذخیره می شوند. مهمترین کاربرد بیوانفورماتیک تحلیل توالی ها است. یکی دیگر از کاربردهای بیوانفورماتیک بهینه سازی ژن نوترکیب با توجه به میزبان می باشد که در این مطالعات استفاده شد. در بهینه سازی رایانه با بهره گرفتن از داده های پیش فرض و پارامترهای دخیل در سیستم رونوسیس مثل کدون های بهینه ، درصد اسیدآمینه های گوانین و سیتوزین توالی و … ، بهترین توالی را برای ژن نوترکیب جهت بیان در میزبانی مشخص را ارائه می دهد. بهینه سازی باعث می شود که میزان بیان و دقت و عملکرد ژن موردنظر در میزبان انتخابی بالا رود.

جهت بیان یک ژن نوترکیب باید این ژن را درون یک میزبان مناسب کلون کنیم. معمول ترین میزبانی که برای کلون سازی استفاده می شود باکتری E.coli است. از جمله ویژگی هایی که باعث شده است E.coli به عنوان مهمترین و پرکاربردترین میزبان کلون سازی مورد استفاده قرار گیرد عبارتند از :
غیربیماری زایی بودن ، سهولت دستکاری ژنتیکی ، رشد سریع ، توالی یابی ژنوم آن
برای کلون کردن یک ژن نوترکیب نیاز به حامل داریم. یک حامل مناسب کلون سازی باید ویژگی هایی را داشته باشد که یکی از مهمترین ویژگی هایی که یک حامل کلون سازی باید داشته باشد توانایی همانندسای است تا بتواند درون میزبان همانندسازی کند و تعداد نسخه های آن درون میزبان بالا رود.
و با تقسیم سلول تعدادی از این نسخه های حامل به سلول دفتری منتقل شود. پس اولین ویژگی که یک حامل یا وکتور باید داشته باشد داشتن توالی ori برای همانندسازی است. دومین ویژگی که باید داشته باشد داشتن یک مارکر مقاومت به آنتی بیوتیک است تا بتوانیم باکتری نوترکیب را جداسازی کنیم.