این چنین میناگری‌ها کار تُست

این همه اکسیرها اسرار تُست^[۱۵۲]

گویا به مرحوم فاضل الهام شده بود که الهیات آخرین اثری است که از او به چاپ می‏رسد. از این رو در پایان این مقدمه فرموده است:
پس اکنون که آفتاب عمر من به افول می‌گراید، از توفیقی که حاصل شد، بسیار شاکر و سپاسگزارم. چه شاید این آخرین اثری باشد که از من به چاپ می‌رسد و همچون فرزند روحانی عزیز از من به یادگار می‌ماند. الحمد لله الذی وهب لی علی الکبر اسماعیل.^[۱۵۳]
۴ـ ۳٫ حکمت قدیم
مرحوم فاضل این کتاب را در سه مبحث خلاصه کرده است: اول طبیعیات؛ دوم عوارض جسم طبیعی؛ سوم مبحث نفس.
ایشان ابتدا مقدمتاً تعریفی از فلسفه می‌آورند و سپس اقسام حکمت را بیان می‌کنند و بعد از آن وارد مباحث مطروحه می‌شوند.
در بحث طبیعیات به تعریف جسم، اقسام جسم طبیعی، هیولا و اثبات آن، صورت نوعیه، تناهی ابعاد، و تلازم هیولا و صورت، می‌پردازند. در بحث عوارض جسم طبیعی، به طور مبسوط به این موارد اشاره می‌کنند: مکان و ادله‌ی منکرین و مثبتین، خلأ، حرکت و اقسام آن، تقسیم حرکت از جهت مسافت و محرّک، حرکت در مقولات، زمان و ادله‌ی مثبتین و منکرین. همچنین به صورت مفصل به سخنان گذشتگان پرداخته و آنها را نقد می‌کنند و در آخر نظر مختار را برمی‌گزینند.
ایشان در مبحث سوم که بحث از نفس است، در چهار فصل آن را تعریف می‌کنند؛ اقسام نفس را بیان می‌کنند؛ قوای نفس حیوانی و قوا و حواس باطنه را تشریح می‌نمایند و در فصل چهارم به نفس انسانی می‌پردازند که در آن از تجرد نفس، قوای نفس انسانی، مراتب عقل نظری، مراتب قوه‌ی عقل عملی، مراتب فنا و بقای نفس، و فناناپذیریِ آن، سخن به میان می‌آورند. البته در این فصل مباحثی چون حدوث و قدم نفس، تناسخ و اقسام و ابطال آن، نیز مطرح می‌شود.
کتاب حکمت قدیم که استاد در رشته‌ ‏ فلسفه‌ دانشکده‌ی ادبیات املا کرده است، در سال ۱۳۳۰ در تهران به چاپ رسید.
این کتاب نفیس را مرحوم فاضل با خرج خود به چاپ رساند؛ ولی از آنجا که تصحیح‏ آن را به یکی از دانشجویان واگذار فرموده بود، متأسفانه اغلاط چاپی آن‏ زیاد بود. لکن بعدها با تصحیح اساطین فن بارها تجدید چاپ شد.
مرحوم فاضل تونی در آثارش به کلی از تصنع و تکلف‏ احتراز داشت و مطالب غامض و پیچیده‌ی فلسفه را با عباراتی روشن و صریح بیان می‌کرد و واقعاً آنچه درباره‌ی سقراط گفته‏اند «که فلسفه را از آسمان به زمین آورد» درباره‌ی آثار فلسفی آن مرحوم هم صادق است و وقتی آنها را با بعضی آثار فلسفی فارسی از قبیل‏ دانشنامه‌ی علائی ابن سینا، درّه التاج قطب الدین شیرازی، و گوهر مراد ملاعبدالّرزاق لاهیجی، و اسرار الحکم حاج ملا هادی سبزواری مقایسه کنیم، درجه‌ی سادگی و حسن تفهیم آثار آن مرحوم به خوبی معلوم می‌شود.^[۱۵۴]
۴ـ ۴٫ ترجمه فنون سماع طبیعی شفا
همان‌گونه که قبلاً گفتیم، فاضل تونی در ترجمه‌ی محمدعلی فروغی از فنون سماع طبیعی سهمی بسزا داشته، چنان‌که فروغی نیز در مقدمه‌ی آن تصریح کرده است.
آیت الله حسن‌زاده درباره‌ی این ترجمه می‌فرمایند:
یکى دیگر از آثار آن جناب، ترجمه‌ی فن سماع طبیعى از کتاب شفاى شیخ رئیس است. مرحوم استاد بزرگوارم جامع علوم عقلى و نقلى، آیت الله علامه محمدحسین فاضل تونى (قدّس سرّه الشریف) روزى در مجلس درس شفاى شیخ رئیس که در منزل آن جناب ـ که بیت المعمور این کمترین بود ـ تشرّف مى‏یافتم، فرمود: ترجمه‌ی شفاى شیخ که به نام محمدعلى فروغى است، به تقریر و توضیح و املا و القاى اینجانب است که پیش از شما فروغى در نزد من آن را مى‏خواند و تحریر مى‏کرد. و خود فروغى هم در صفحه‌ی دوم دیباچه آن مى‏گوید: مخصوصاً استاد ارجمند، جامع معقول و منقول، آقاى شیخ محمدحسین معروف به فاضل تونى … . ^[۱۵۵]
دکتر خوانساری نیز می‌نویسد که برای ترجمه‌ی این کتاب، چند سال مرحوم فاضل و مرحوم فروغی مرتبا با همت و کوششی که هر دو را بود، با یکدیگر ارتباط داشتند. دو روز معین را در هفته به این کار اختصاص داده بودند: یک روز فروغی به خانه‌ی جناب‏ فاضل می‏آمد و یک روز جناب فاضل به منزل فروغی می‏رفت و سرانجام پس از چند سال مجاهده و صرف وقت، این اثر نفیس شریف به طالبان فلسفه عرضه شد.

مرحوم دهخدا در لغت‌نامه در ذیل احوال ابن‌سینا فرموده که این کتاب‏ ترجمه‌ی فاضل تونی است، به انشای فروغی؛ ولی چنان‌که بنده، خود، از مرحوم فاضل‏ شنیده‏ام، سهم مرحوم فروغی به مراتب بیش از این بوده است: نخست مرحوم فاضل‏ متن عربی را می‏خوانده و آن را ترجمه‌ی تحت‌اللفظی می‏کرده و سپس به شرح و تفسیر آن‏ می‏پرداخته است و مرحوم فروغی یادداشت برمی‏داشته است. آن‌گاه مرحوم فروغی‏ به تنهایی، آن ترجمه و توضیحات را مرتّب و منقّح می‌ساخته و هر فصلی را هم جداگانه‏ با عبارت بسیار ساده تلخیص می‏نموده است و سپس باز همه را به نظر مرحوم فاضل‏ می‏رسانْد. در ضمن، همه‌ی فصول را با ترجمه‌ی فرانسه‌ی فیزیک ارسطو هم مطابقت می‏کرده‏ است. در ضمنِ همین مطابقت و مقایسه، گاه معلوم می‌شد که بعضی از ترجمه‏ها که‏ در دست ابن سینا بوده، نارسا یا اساساً غلط بوده است.^[۱۵۶]
این کتاب توسط ناشران مختلف و با مقدمه و تغریظ های گوناگون به زیور طبع آراسته شده است.
۴ـ ۵٫ کتاب منطق
این کتاب شرح بیانات جناب فاضل در رشته‌ فلسفه‌ دانشکده‌ی ادبیات است که دانشجویان هنگام درس یادداشت نموده‌اند و در برخی نوشتارها از آن به جزوه‌ی منطق یاد شده و دارای مقدمه و پنج فصل است. در مقدمه به تعریف، موضوع، فایده، و ابواب علم منطق، اقسام دلالت، کلی و جزئی، و نِسب اربع اشاره نموده و در فصول پنجگانه نیز مباحثی چون کلیات خمس و اقسام آن، رسم تام و ناقص، اقسام قضایا، عکس مستوی و نقیض، حجت و اقسام آن، اشکال چهارگانه قیاس، اقسام استقراء، صناعات خمس، و شرح مبسوطی از برهان و اقسام آن را آورده است.
این کتاب برای اولین بار، در سال ۱۳۲۹ در تهران به چاپ رسید و بعدها توسط انتشارات‌های گوناگون، با حواشی و تصحیح‌های مختلف تجدید چاپ شد.
۴ـ ۶٫ منتخب آیات قرآن و نهج‌البلاغه
مجموعه‌ای است از آیات قرآن و کلمات قصار و چند خطبه از نهج‌البلاغه، با شرح و تفسیر بیش از ۱۲۰۰ لغت از لغات مشکل قرآن و نهج البلاغه.
آیات منتخب، در ۹ فصل به شرح ذیل تنظیم شده است: یک. در فضیلت علم و حکمت؛ دو. دلائل توحید واجب تعالی؛ سه. عقائد حقه و اخلاق حسنه؛ چهار. ترغیب در انفاق و نوع‌پرستی؛ پنج. تحریص و تشویق بر جهاد و حمایت میهن؛ شش. نکوهش شرب خمر و مسکر؛ هفت. منع از رباخواری؛ هشت. تدبر، تفکر، و ضرب امثال؛ نه. عبادت و پرستش خداوند تعالی.
همچنین خطب برگزیده‌ی نهج البلاغه به شرح ذیل است: خطبه‌ی متقین (همام)، خطبه‌ی قاصعه، و خطبه شقشقیه که در کنار آن، برخی از کلمات قصار آن حضرت را نیز برگزیده است.
این کتاب در سال ۱۳۲۰ توسط وزارت فرهنگ به چاپ رسید.
۴ـ ۷٫ منتخب کلیله و دمنه‌ و ابن خلّکان
مرحوم فاضل تونی از کتاب معروف کلیله و دمنه، سه باب «الأسد و الثور»، «الفحص عن أمر دمنه»، و «باب الحمامه المطوّقه» را برگزیده و به شرح و ایضاح لغات مشکل آنها پرداخته است.
وی همچنین شرح حال بزرگانی را از کتاب «ابن خلِّکان» انتخاب کرده و این کتاب را چنین وصف می‌کند:
از جمله آثار او کتاب تاریخ معروفی است به نام «وفیات الأعیان و أنباء أبناء الزمان» و آن ترجمه‌ی احوال گروهی از بزرگان رجال اسلامی است از پادشاهان و وزرا و علما و حکما و فضلا که ما در اینجا قسمت‌هایی منتخب از آن تاریخ می‌آوریم.^[۱۵۷]
این کتاب برای اولین بار، به خط زیبای طاهر خوشنویس در سال ۱۳۳۰ در تهران به زیور طبع آراسته شد.
۴ـ ۸٫ علم رجال و علم الحدیث
کتابی است که فاضل تونی به درخواست مؤسسه وعظ و خطابه و با کمک مرحوم کاظم عصّار درباره‌ی علم رجال و درایه الحدیث نگاشته‌اند و سرفصل‌های علم رجال آن چنین است: الفاظ جرح و تعدیل و تعارض آنها؛ توثیقات خاص؛ توثیقات عام؛ و شناخت منابع رجالی. و همچنین در علم الحدیث آن از شیوه‌ی مواجهه و بررسی متن و سند حدیث به طور کلی سخن به میان آمده است.
این کتاب در سال ۱۳۱۵ توسط انتشارات مؤسسه وعظ و خطابه به چاپ رسید.
۴ـ ۹٫ مجموعه‌ی وعظ و خطابه
این کتاب به بیان شیوه‌های سخنوری و چگونگی بهره‌گیری از آیات و روایات در مقام وعظ و خطابه می‌پردازد.
این کتاب نیز به درخواست مؤسسه وعظ و خطابه به قلم ایشان تحریر شد و در سال ۱۳۱۵ توسط انتشارات همان مؤسسه چاپ گشت.
۴ـ ۱۰٫ کتاب صرف
این اثر نفیس و نسبتاً مبسوط مشتمل است بر تجزیه و ترکیب تعدادی از آیات قرآن کریم که تونی در مؤسسه‌ی وعظ و خطابه املا کرده و به مناسبت هر آیه، نکاتی دقیق از تفسیر و معانی و بیان و کلام و حکمت و عرفان نیز آورده است.