در تحقیقی بروی نمونه های کولکتومی به دست امده از سرطان کولون به منظور بررسی ماکر CD166 صورت گرفت مشخص شد که بیش از دو سوم نمونه ها CD166 را بیان می کنند.هم چنین بیان غشایی CD166 مرتبط با سرطان کولورکتال در قسمت کولون این سرطان بیشتر می باشد. (شهریار صفایی و همکاران،۲۰۱۳)
فصل ۳ : مواد و روش ها
۳-۱ مواد استفاده شده
در انجام این پایان نامه از عوامل و مواد زیر استفاده شد :
۳-۱-۱ باکتری مورد استفاده
در این مطالعه در مرحله کلونینگ ژن ناحیه V از پروتئین ALCAM از باکتری E.coli سویه TOP10 و در مرحله ی ساب کلونینگ از باکتری E.coli سویه BL21(DE3)استفاده شد .
۳-۱-۲ پلاسمید
در مرحله ی ساب کلونینگ از پلاسمید بیانی (pet-28a ) که دارای پارامترهای بیان کننده و همچنین جایگاه های برش آنزیمی دلخواه است استفاده شد .البته لازم به ذکر است این پلاسمید دارای جایگاه های مختلف برای انواع انزیم های محدود کننده می باشد که این امکان را فراهم می سازند که بتوان ژن مورد نظر را به کمک انها وارد پلاسمید کرد. ویژگی دیگر این پلاسمید ژن مقاومت به انتی بیوتیک کانامایسین می باشد که به باکتری ترانسفورم شده امکان بقاء را در محیط حاوی کانامایسین می دهد. جهت بیان قطعه ژن کلون شده در ان هم دارای پارامتر های بیانی مانند پروموتر lacمی باشد که در حضور القاگرIPTGشروع به بیان ژن مورد نظر می کند.

۳-۱-۳ آنزیم ها
از آنزیم های محدودالاثر (NcoI) و (XhoI) که از شرکت فرمنتاز^[۹۶]لیتوانی تهیه شد و از آنزیم اتصال دهنده T4 DNA Ligaseهم در مرحله ی Ligationاستفاده شد .شرایط نگهداری این آنزیم ها در شرایط دمایی ۲۰- درجه سانتیگراد می باشد.
۳-۱-۴ کیت های ازمایشگاهی
کیت استخراج DNAاز ژل و کیت استخراج پلاسمید از شرکت فرمنتاز لیتوانی تهیه شدند و در شرایط دمایی ۴ درجه سانتیگرادنگهداری شدند.
۳-۱-۵ انتی بیوتیک ها
آنتی بیوتیک های آمپی سیلین و کانامایسین نیز با غلظت مناسب تهیه شده و در شرایط دمایی۲۰- درجه سانتیگراد نگهداری شدند.
۳-۱-۶ محیط کشت باکتری
در این مطالعه از محیط کشت های LB آگار و محیط کشت آگار جهت تکثیر باکتری استفاده شد.
۳-۱-۷ ژل الکتروفورز
پودر آگارز Lowشرکت هیسپانلب^[۹۷]تهیه و جهت ساختن ژل الکتروفورز مورد استفاده قرار گرفت.
۳-۱-۸ مواد شیمیایی
کلیه مواد شیمیایی از شرکت مرک آلمان با درجه ی خلوص بیولوژی مولکولی تهیه شدندو در مراحل مختلف مطالعه از جمله تولید ژل الکتروفورز (SDS-page) مورد استفاده قرار گرفت.
۳-۱-۹ وسایل و تجهیزات آزمایشگاهی
در انجام این پایان نامه از وسایل و تجهیزات زیر مورد استفاده قرار گرفت :
۱- سمپلر در سایزهای مختلف
۲- نوک سمپلر آبی، زرد، کریستالی
۳- میکروتیوب های ۲/۰ ، ۵/۰ و ۵/۱
۴- پلیت یکبار مصرف ۱۰ سانتیمتری
۵- لوله ی آزمایش ۱۶۰ × ۱۶ سیماکس
۶- اتوکلاو جهت ضد عفونی کردن وسایل پلاستیکی و محیط کشت ها
۷- انکوباتور ساخت شرکت پارس طب نوین(شکل ۳-۱ )
شکل ۳-۱.انکوباتور
۸– شیکرانکوباتور ساخت شرکت اپندورف^[۹۸] محصول کشور المان (شکل ۳-۲ )
شکل ۳-۲.شیکر انکوباتور اپندورف
۱۰- تانک الکتروفوز افقی
شکل۳-۳ تانک اکتروفورز
۱۱- تانکالکتروفورز (SDS-Page)
شکل۳-۴ تانک SDS-page
۱۲- دستگاه مولد ولتاژ (شکل ۳-۳ )
شکل ۳-۵.تانک الکتروفورز و دستگاه مولد ولتاژ
۱۳- سانتریفیوژ ساخت شرکت اپندورف^[۹۹] المان (شکل ۳-۴ )
شکل ۳-۶.سانتریفیوژ اپندورف المان
۱۴- بن ماری ساخت شرکت بهداد ایران (شکل ۳-۵ )
شکل ۳-۷. بن ماری
۱۵- دستگاه انکوباتور جهت دما۱۶درجه ( شکل ۳-۶ )
شکل ۳-۸. انکوباتور
۱۶- دستگاه تصویر ساز ژل^[۱۰۰] ( شکل۳-۷)
شکل ۳-۹.دستگاه تصویرساز ژل
۱۷-سانتریفوژ یخچال دار ساخت شرکت سیگما

شکل۳-۱۰ سانتریفوژ یخچال دار